采收后的花卉种子，应该在干燥、蜜封、低温的条件下保存。贮藏花卉种子的木箱、布袋、瓮罐要放在距离地面约50厘米的架子上，切忌种子袋直接接触地面，以免受潮。少量的种子可贮于干燥器内。贮藏种子可采用玻璃瓶、小口有盖的罐瓮、木箱、布袋等，底部盛放生石灰、硅胶、干燥的木屑和木炭等作干燥剂，上放种子袋，然后密封，放置于低温干燥处。

花卉种子于温暖、潮湿、空气畅通条件下的生命活动强烈，种子内营养物质迅速消耗，种子寿命变短;处于低温、干燥和气流流通缓慢条件下的种子生命活动变弱，种子寿命可相对延长。因此1-3年草本花卉种子应保存在低温、干燥、封闭条件下。保存期1年的有福禄花、报春花等。

保存期2-3年的有醉美人、华菱草、三色荃、万寿菊种子、美女樱、旱金莲种子 、香豌豆、虞美人种子、麦秆菊、金鱼草、矢车菊种子等。保存期3年以上的有半枝莲、百日菊、桂竹香、紫罗兰、矮牵牛、三色觅、鸡冠花种子、金盏菊种子等。花卉种子的发芽率在正常贮藏条件下，多数是以恒定的速度降低的，大多数种子寿命为2-3 年。

随着贮藏时间的延长，发芽率和发芽势降低，甚至有的影响秧苗及植株的生长，如紫菀种子贮藏 9个月开花早、整齐，而贮藏 9年半的种子开花极不整齐。从种子学角度，当一个种子群体 左右 的发芽率降低到50%时，则用从收获到半数种子存活所经历的时间作为该种子群体的寿命，也称该时期为种子的半活期。

花卉种类极其繁多，有的种子一开始发芽率很高，如醉蝶花，可达95% 以上，有的种子最初发芽率就较低，如大丽花、矢车菊等，因此在确定种子寿命时还要考虑特殊情况，即考虑贮藏后发芽率降低的幅度。

种子使用年限和种子寿命紧密相关，寿命越长，使用年限越长，使用适宜年份因种类而异，多数以使用 1-2年的种子为好，对于名贵种类及品种为保持其种质资源，只要有发芽力就可以使用，而对于大量生产用种，则必须有一定的发芽力和发芽势。