1、遗传特性：不同遗传性状树种的林木种子贮藏寿命差异很大。例如豆科树种种皮致密、透性较差，就比种皮膜质容易透水透气的杨属、柳属、榆属的种子寿命长得多。

2、入库时的种子生活力水平：健壮的母树，在天气良好、营养供应充分的条件下孕育的种子，初始生活力较高，贮藏寿命较长。充分成熟的种子，种皮具备了正常的保护功能，内部营养物质的转化已经结束，生活力处于最高水平，比成熟度低的种子贮藏寿命长得多。种子采收后，如果不及时妥善处置，或受冻受潮，或堆积发热，或脱粒调制时温度过高，干燥速度过快，都会降低种子生活力，缩短贮藏寿命。

3、入库时的种子状况：许多夹杂物容易吸潮生霉，机械损伤的种子失去种皮保护，更容易感受潮气，呼吸积热，感染霉菌，成为贮藏时恶化整个种批的危险因素。除了某些不耐干燥的树种以外，种子安全贮藏的重要条件之一是保持较低的含水量。这样的种子呼吸作用微弱，抵抗低温和高温的能力强，种子所带的微生物和昆虫也受到抑制。

4、贮藏环境的温度：种子衰败变质的速度同温度有密切关系。降低含水量和降低温度收效基本相同，因此气候潮湿，种子不易充分干燥的地区，应重视温度的作用。如果气候干燥或降低种子含水量并无困难，就不必过于要求低温。多数树种种子适宜的贮藏温度为0～5℃。有些国家采用-18℃。科学研究工作中试用过更低的温度。

5、贮藏环境的相对湿度：许多林木种子有很强的吸湿能力。因此经过充分干燥之后的种子，还必须在干燥的环境中，或在防潮容器形成的小环境中贮藏。绝对水汽含量不变时，温度愈低，空气的相对湿度愈高。在密闭的低温库房中，如果不用防潮容器贮藏种子，则应充分考虑低温的这个不利方面。

6、贮藏环境中的生物因子：种子堆中的各种成分常常附有大量真菌，种子中还可能潜伏某些昆虫，它们的呼吸有时会使种子堆返潮发热，大量增殖更会促使种子败坏。羽化后的成虫难于逃离密闭的库房，会长期严重污染贮藏环境，增加管理困难。因此提高种子净度，不使种子遭受机械损伤，降低贮藏环境的温度和相对湿度，特别是降低种子含水量，都是控制真菌和昆虫的手段。