初始发芽能力强和净度高的种子能在较长的时间里保持生命力。林木种子含水量低时，种子内的水处于同胶体结合的状态，称结合水，几乎不参与代谢活动。这时各种酶呈吸附状态，种子的呼吸极其微弱，种子所带真菌和昆虫也受到抑制，在其他条件配合下能够长期保持生命力。贮藏的难度随含水量增高而加大。

林木种子含水量超过40～60%的种子有可能萌发；超过14～20%的种子会因呼吸旺盛而明显发热；超过12～14%的种子内部外部所带真菌便会孳生繁殖；只有低于8～9%时昆虫才不致于活动。降低种子生命活动而能安全贮藏的种子含水量习称安全含水量。但只有同时具备其他条件时这个词才有实际含义。安全含水量范围一般根据贮藏要求分别树种规定。

按安全含水量的高低，可将林木种子区分为能忍受和不能忍受干燥两大类。多数树种的种子能够忍受干燥，安全含水量一般为5～14%。另一类种子如油茶含水量低于24%、麻栎低于30%就会显著降低发芽能力。能耐干燥的种子如过分失水，种子中类脂化合物因失去水膜保护，而自动氧化生成的游离基，会使种子受到伤害甚至死亡。

贮藏时除保护种子免受病、虫、鼠、鸟等生物因子为害外，还要注意环境条件中的空气相对湿度和温度。种子是从周围空气中吸收水分还是释放水分，取决于种子中的含水量是低于，还是高于它同当时周围空气相对湿度之间的平衡含水量。相对湿度相同时，平衡含水量的高低取决于种子内含物的成分、种子的相对面积、种皮的结构和种子所受机械损伤的程度等因素，并因树种、种批而有不同。

含蛋白质或淀粉多而含油少的种子，其平衡含水量远高于富含油分的种子。种子生命活动的强度还同环境温度有关。在能够忍受的范围内，温度越低，种子活力衰减的速度越慢。